Vuoden 1962 lokakuussa Neuvostoliitto toi Kuubaan ydinaseita, mistä seurasi 13 päivää kestänyt Kuuban ohjuskriisi. Kennedyn vaatimuksesta Neuvostoliitto veti aseet takaisin ja ydinsodan uhka väistyi.[1] Vuoden 1963 elokuussa Kennedy allekirjoitti Neuvostoliiton ja Ison-Britannian kanssa sopimuksen ydinaseiden muualla kuin maan alla tapahtuvan testauksen lopettamiseksi.[1][26]  Kennedy pyrki myös hidastamaan kommunismin leviämistä maailmalla. Hän kasvatti Yhdysvaltain osallisuutta Vietnamin sodassa lähettämällä sinne aiempien varusteiden ja rahallisen avun tueksi 15000 sotilaallista neuvonantajaa.[1] Vieraillessaan Länsi-Berliinissä 1963 Kennedy piti Schönebergin raatihuoneella kuuluisan puheensa, jossa hän arvosteli kommunismia ja toivoi Saksan yhdistymistä. Puheesta muistetaan varsinkin Kennedyn lausumat saksankieliset sanat ”Ich bin ein Berliner” (”Olen berliiniläinen”).[27]